Esse post vai descrever como passar argumentos para um script chamando-o pela linha de comando. Vamos mostra uma aplicação simples utilizada na pratica do dia a dia. Um script R é chamado via linha de comando(no shell) da seguinte forma Rscript argScript.R, dessa forma todo o script é processado e é gerado a saida que foi criada no script. Esse comando é analogo ao comando source(argScript.R) que pode ser usado dentro do R para executa todas as operações descritas no arquivo.

Já sabendo disso, vamos agora deixar esse argScript.R dependendo de um input externo, como por exemplo um nome de arquivo (um arquivo text contendo dados que devem ser lidos para o R processar) e um nome para o arquivo de saida a ser gerado por esse script R.

Para passar argumentos para um script R vamos utilizar a função commandArgs, essa função lista todos os argumentos que foram fornecidos quando a sessão do R atual foi chamada. Então vamos criar um script R com nome de argScript.R que começa com o comando abaixo:

argumentos = commandArgs(trailingOnly=TRUE)

Se você estiver usando uma maquina windows, talvez seja necessário add o caminho do arquivo Rscript.exe no $PATH, veja como fazer aqui https://www.computerhope.com/issues/ch000549.htm